Spillere kan velge mellom 14 forskjellige karakterer tatt rett fra anime-serien, inklusive Naruto Uzumaki, den unge ninjaen som fortsatt er i ninja-skolen, samt hans to skolekamerater Sakura og Sasuke. Med Naruto: Ultimate Ninjas helt unike visuelle stil og mengden av forskjellige gameplay moduser, håper Atari dette vil bli et storslått spill for arcade-fighter og Naruto fans.

Det vil være fire gameplay moduser, story, oppdrag, free-battle og practice, som skal gi spillerne muligheten til å utforske historien i anime serien Naruto, utføre oppdrag, sloss en mot en med vennene sine, eller trene opp ferdighetene sine, vel vitende om at en ninja er ingenting uten trening og disiplin.

Alle sloss arenaer er fulle med interaktive objekter som ødelagte rør, power ups kastet ned av tilskuere og en masse ødeleggbare objekter. Det finnes en drøss med forskjellige special komboer, og oppløsbare ekstras, så spillerne bør bli klare for å virkelig sett seg inn i Naruto: Ultimate Ninja.